Những tháng sau những sự kiện này, Thrasybulus chỉ huy hạm đội Athena trong một số trận giao chiến lớn. Trong Trận Cynossema, ông chỉ huy một cánh hạm đội và giúp Athena tránh khỏi một thất bại nặng bề bằng cách mở rộng phía sườn để ngăn cản địch bao vây, do đó mà cuối cùng Athena thắng lợi.[13] Ít lâu sau đó Thrasybulus lại một lần nữa chỉ huy một cánh quân trong một trận hải chiến thành công ở Abydos.[14]

Chiến lược của quân Athena ở Cyzicus. Hình trái: cánh quân của Alcibiades (xanh) nhử hạm đội Sparta ra xa khơi. Phải: Thrasybulus và Theramenes đem hai đội tàu từ phía sau Sparta để chặn đường rút lui, trong khi Alcibiades quay đầu đối diện với hạm đội Sparta.

Thrasybulus một lần nữa cầm quân trong Trận Cyzicus, một thắng lợi vang dội của hải quân Athena. Trong trận này, người Athena nhử hạm đội Sparta đuổi theo một lực lượng nhỏ do Alcibiades chỉ huy; khi quân Sparta đã cách xa bờ, hai đội tàu dưới sự chỉ huy của Thrasybulus và Theramenes xuất hiện phía lưng cắt đường rút lui. Quân Spartan buộc phải rút chạy về một bờ biển gần đó, nơi Alcibiades đổ quân để chiếm tàu đối phương. Nhưng với sự trợ giúp của một đội quân Ba Tư, quân Sparta đánh bật lực lượng này ra biển. Phát hiện thấy điều đó, Thrasybulus đổ quân của ông để tạm thời giảm bớt áp lực lên Alcibiades, đồng thời ra lệnh cho Theramenes liên binh với lục quân Athena gần đó để tăng viện cho thủy quân trên bãi biển. Quân Sparta và Ba Tư, choáng váng trước sự xuất hiện của nhiều lực lượng từ các hướng khác nhau, bị đánh bại và phải tháo lui, và người Athena chiếm được tất cả các thuyền của Sparta còn nguyên vẹn.[15]

Năm 409 và 408 tr.CN, Thrasybulus vẫn nắm binh quyền, nhưng tài liệu ít cho biết những hoạt động của ông hai năm này. Ông dường như dành phần lớn thời gian hành quân Thrace, tái chiếm các thành phố cho Đế chế Athena và khôi phục nguồn cống nộp từ vùng này. Năm 407 tr.CN, ông chỉ huy một phân hạm đội tới vây hãm thành Phocaea; tuy nhiên ông phải rút quân sau quân Sparta dưới quyền Lysander đánh bại hạm đội chính của Athena tại Notium. Thất bại này dẫn tới sự thất thế và lưu đày Alcibiades. Thrasybulus hoặc là bị tước quyền tại mặt trận bởi Alcibiades hoặc không được tái cử khi hết nhiệm kỳ; dù sao thì ông cũng không còn tại vị từ đó cho đến hết cuộc chiến.[16]

Thrasybulus xuất hiện trở lại, trong  Trận Arginusae năm 406 tr.CN. Trong trận này ông là một trierarch của lực lượng giải cứu được gửi đi đến trợ giúp cho đô đốc Conon đang bị vây chặt ở Mytilene. Họ đánh bại hạm đội Sparta tới ứng chiến; tuy nhiên sau đó, các tướng chỉ huy đem đại bộ phận các chiến thuyền đi tấn công hạm đội Peloponnesus vốn bao vây Conon, để lại phía sau một lực lượng nhỏ dưới quyền 2 trierarch làThrasybulus và Theramenes giải cứu những thủy thủ trên 25 tàu Athena bị đắm. Một cơn bão bất ngờ ập tới đẩy lực lượng giải cứu phải cập bờ, khiến cho một lượng lớn các thủy thủ—ước tính từ gần 1,000 cho tới 5,000 người—bị chết đuối.[17] Kéo sau đó là một trong những bê bối chính trị lớn, dẫn đến trong một cuộc chiến gay gắt giữa Theramenes và các vị tướng ở Athena về chuyện ai phải chịu trách nhiệm về thảm họa nói trên, cuối cùng các vị tướng bị xử tử. Không rõ vì sao Thrasybulus dường như ít tham dự vào cuộc tranh cãi này.[18]